日本主導：この研究は、筆頭著者・責任著者、または著者の主要所属が日本の研究機関である研究です。

掲載誌：Journal of Ethnic Foods

ライセンス: CC BY　対象: 公開論文　確認元: OpenAlex

研究の目的

京丹後地域の住民は、酪酸をつくる腸内細菌が多いという特徴が先行研究で報告されています。酪酸は、大腸の細菌が食物繊維を発酵させてつくる短鎖脂肪酸の一種です。大腸の内側を覆う細胞の主なエネルギー源となり、腸のバリア機能の維持や炎症の抑制に関わるとされています。京丹後の高齢者を対象とした調査では、虚弱（フレイル）でない人の方が、虚弱な人よりもこうした細菌が有意に多いことも報告されています。

酪酸をつくる細菌が定着するには、食物繊維や発酵食品を長く摂り続けることが必要です。そのため研究チームは、個人の食習慣だけでなく、何世代にもわたる地域の食文化が関わっているのではないかと考えました。そして「なぜ京丹後の住民はこのような腸内細菌をもつのか」という問いに、縄文時代から現代までの食文化の変遷をたどることで取り組みました。

研究チームによれば、腸内細菌が歴史の中でどう形づくられてきたかはほとんど調べられておらず、動物や植物の遺物から過去の食生活を復元する考古学の知見を現代医学と結びつける試みもまれでした。そこで本研究では、二つのことを提案しています。一つは、大規模言語モデル（LLM）を使って、普段は交わらない五つの分野の文献を一つの軸で統合する手順です。もう一つは、各時代の食環境を酪酸産生菌の観点から点数化する指標で、その評価の信頼性も検証しました。

何を、どのように調べたか

対象は縄文、弥生〜古墳、奈良〜平安、中世、近世、現代の六つの時代です。時代ごとに異なる種類の資料を用いました。縄文時代については、京都府で唯一の縄文貝塚である京丹後市網野町の浜詰貝塚の動物遺物の分析を使いました。弥生〜古墳時代は丹後地域に数量的な食事データが見つからなかったため、鳥取市の青谷上寺地遺跡のデータで代用しています。奈良〜平安時代は、927年に成立した法典『延喜式』巻24から丹後国の食品関連の貢納品をすべて抜き出しました。中世〜近世は、江戸初期の俳諧書『毛吹草』を分析した研究と、京都府立丹後郷土資料館によるサバ食文化の調査報告を使いました。後者には379人分のアンケートが含まれます。現代については、65歳以上の798人を対象に腸内細菌・食事・虚弱の関係を調べた研究と、京丹後市と京都市の腸内細菌を比べた研究を基準としました。

分析では、各資料の本文をLLM（AnthropicのClaude Sonnet）に読み込ませ、食材名、加工や保存の記述、標本数や比率などの数量データを網羅的に抜き出させました。LLMがもっともらしい誤情報を生成する問題に備えて、抜き出した情報はすべて原資料の本文と照合しています。原典で確認できない記述は捨てました。

各時代の食環境は、研究チームが考案した「酪酸産生ポテンシャルスコア（BPPS）」で評価しました。これは、水溶性食物繊維、発酵食品、魚介類の多様性、食事全体の多様性の四つの軸を、それぞれ0〜2.5点の6段階で採点し、合計10点とする指標です。四つの軸の重みは同じにしています。各段階の条件は、資料に記録された食品の分類や種類、生息環境の数など、数えられる特徴で定めました。その時代の地域の一次資料に食品名が出てくる場合は「直接の証拠」とし、域外の遺跡や全国的な歴史などに頼る場合は「間接の証拠」として区別しています。

採点は4人の評価者がそれぞれ独立に行いました。3人は種類の異なる公開型のLLM（Qwen2.5-14B、Gemma-3-12B、Llama-3.1-8B）で、出力が完全に再現できる設定で動かしました。残る1人は筆頭著者です。各時代について、点数を含まない同じ証拠の要約と採点基準を渡し、各マスの最終点は4人の中央値としました。評価者どうしの一致度は級内相関係数などで測りました。さらに、四つの軸を一つずつ除いた場合と一つずつ2倍にした場合の計8通りの重み付けで計算し直し、結論が重み付けに左右されるかも確かめました。

主な報告結果

縄文時代の浜詰貝塚では、脊椎動物の遺物1,785点のうち93％（1,592点）が魚類でした。2ミリのふるいで選別された1,472点では、トビウオ類（34％）、フグ類（29％）、マイワシを中心とするニシン科（24％）が大半を占めました。トビウオ類は胴と尾の骨だけが見つかり、頭の骨はまったくありませんでした。先行研究はこれを、頭と内臓を取り除いてから保存した跡、つまり縄文時代に干物や塩漬けの技術があった証拠と解釈しています。研究チームは、これが後のへしこや「めじり」（干し魚）につながる食文化の先がけとみています。貝類は、汽水の潟湖、内湾、外海の岩場、外海の砂地、淡水という五つの環境から少なくとも26種が見つかりました。また、大腸の細菌が発酵させる難消化性のでんぷんを含むドングリも多く出土しています。

奈良〜平安時代の『延喜式』では、丹後国の貢納品にサンショウが記されていました。サンショウは今もへしこづくりに欠かせない調味料で、少なくとも1,100年にわたって同じ地域で使われ続けてきたことが記録で裏づけられたと研究チームは述べています。乾燥させた米や海藻も貢納品に含まれていました。中世の『毛吹草』では、食物繊維を含む海藻のミルやノリ、干し魚の「めじり」、ゴマが丹後の名産として挙がっています。近世のへしこは、塩漬けにしたサバを米ぬか、塩、唐辛子（サンショウも加える）とともに漬け込み、真夏を越して1年かけて発酵させる保存食です。

BPPSの合計点は現代が最も高い7.5点でした。これは、現代では食物繊維の摂取量や伝統的な食事の幅広さを調査データで直接測れているためです。近世は、米ぬかと1年がかりの乳酸発酵を組み合わせたへしこがあることから、水溶性食物繊維の軸で満点の2.5点となりました。一方、資料がサバ食文化の調査に限られていて他の食品の記録が少ないため、魚介類の多様性と食事全体の多様性はそれぞれ1.0点にとどまりました。弥生〜古墳時代は4.25点で、すべて代用データに基づくため不確かさが最も大きいとされています。研究チームは、合計点の小さな差は資料の種類の違いを反映している面が大きいとして、軸ごとの点数の形を主な結果として読むべきだとしています。

評価者間の一致度は、評価者1人あたりの級内相関係数が0.72、4人の評価をまとめた場合が0.91でした。一般的な目安では、前者は中程度から良好、後者は優れた信頼性にあたります。2人の評価者の点数が完全に一致したのは47％、0.5点差以内に収まったのは82％でした。一致度が最も高かったのは発酵食品の軸です。食品の種類を文章から数える必要がある食物繊維と食事全体の多様性の軸では、主に0.5点の違いが生じました。8通りの重み付けのいずれでも、弥生〜古墳時代は最も低い時代のままでした。奈良〜平安時代以降の各時代の合計点は5.7〜8.0点の範囲に収まりました。

この報告が示すこと

研究チームは、約4500年にわたる六つの独立した資料から、京丹後の食文化に同じ三つの柱が繰り返し現れると結論づけました。多様な魚介類、食物繊維の供給源、そして時代とともに比重を増した保存食・発酵食品です。へしこは、この三つを一つの食品に兼ね備えています。研究チームは、外海・内湾・汽水の潟湖・淡水がまとまって近くにある地形が魚介類の多様性を支え続け、漁や食品加工の技術が世代を超えて受け継がれてきたと述べています。酪酸産生菌の栄養源となる食品が何千年も食卓にあったことは、現代の京丹後の人々にこれらの細菌が多いことを歴史から説明する考え方と矛盾しません。ただし研究チームは、この説明はまだ検証されていないとしています。サンショウの長い連続性がもつ生物学的な意味も未検証です。

研究チームは多くの限界も挙げています。この研究が示すのは、各時代の食文化が酪酸産生菌の栄養源と重なるという状況証拠であり、因果関係の証明ではありません。考古学のデータと現代の腸内細菌データの間には数千年の隔たりが残っています。弥生〜古墳時代については、系統的な動物・植物遺物の分析を伴う丹後域内の発掘報告が見つからず、この時代の丹後の食事を数量的に示すデータが欠けているため、域外の遺跡で代用しています。研究チームは、丹後域内の弥生〜古墳時代の遺跡での系統的な発掘と分析が必要だとしています。貝塚に残るのは骨や殻のような壊れにくいものに偏るため、どの時代の食事も完全には復元できません。腸内細菌が何千年も世代から世代へ受け継がれるという想定は、現在の科学的な裏づけを超えています。遺伝、運動、睡眠、社会的なつながり、気候、水質、土壌といった別の要因も否定できません。また、採点の基準や軸の重みは著者らが決めたものです。評価者のうち3人はLLMで、その判断は正解とはいえず、人間の評価者も著者本人でした。

方法の面では、LLMが抜き出したすべての記述を一次資料で確かめることを条件に、動物考古学、古代法制史、食文化史、腸内微生物学、医学疫学という五つの分野を一つの分析の枠組みにまとめられることを、この研究は示しています。

原著論文の著者・所属：Yutaro Inoshita（Faculty of Letters, Kyoto Tachibana University, 34 Yamashina-ku Oyake Yamadacho, Kyoto, 607-8175, Kyoto, Japan）、Keito Inoshita（Faculty of Business and Commerce, Kansai University, 3-3-35 Yamate-cho, Suita, 564-8680, Osaka, Japan）

※本記事は原著論文をもとに、日本語で要約・説明を加えた研究紹介です。 出典（原著論文）：Yutaro Inoshita, Keito Inoshita. Diachronic analysis of food culture and butyrate production potential in the Kyotango region, Japan: from the Jomon period to the present. Journal of Ethnic Foods（出版社：BioMed Central） 2026-11-13. DOI: 10.1186/s42779-026-00343-4. 原著ライセンス：CC BY.