著者の所属・活動拠点の国は、フランスです。

掲載誌：Virus Evolution

ライセンス: CC BY 4.0　対象: 公開論文　確認元: 論文PDF

研究の目的

OsHV-1（カキヘルペスウイルス1型）は、養殖カキに大きな被害をもたらすウイルスです。ほかの貝からも見つかっていますが、生産量と被害の大きさの両面で中心となる宿主はマガキです。そのため研究チームは、マガキの中でウイルスがどのように多様化してきたかを知ることが、このウイルスの進化の歴史と流行の成り立ちを読み解く鍵になると考えました。

研究チームの目的は三つです。一つ目は、調べた地域でマガキに感染するOsHV-1のゲノム（遺伝情報の全体）の多様性を明らかにすることです。二つ目は、系統どうしの関係と分かれ方を再構成することです。三つ目は、世界的なカキの取引という背景のもとで、ウイルスが時間と場所に沿ってどのように多様化したかを調べることです。

何を、どのように調べたか

研究チームは、OsHV-1に自然感染したマガキ275個体からウイルスの全ゲノムを新たに解読しました。試料は1993年から2022年に採取されたものです。フランスが239個体と大半を占め、そのほかはアメリカ11、スペイン7、オーストラリア6、ドイツ5、ニュージーランド4、韓国2、アイルランド1個体でした。フランス国内では9か所で採取され、なかでもマレンヌ・オレロン湾の試料が最も多く含まれています。このほか、フランスで採取されたものの正確な採取地が分からない試料が4つありました。DNAは死にかけたカキの外套膜から1個体ずつ抽出しました。

解読した断片は、既存の配列に頼らずにつなぎ合わせる方法（デノボアセンブリ）でゲノムとして組み立てました。これに公開済みの9ゲノムを加えた計283ゲノムを比べています。比較の観点は主に三つです。一つ目は、遺伝子の欠落・挿入・向きの反転といった大きな構造の違いです。二つ目は、1文字単位の塩基の違い（SNP）から推定した、祖先集団の混ざり具合です。三つ目は、採取年を組み込んだ系統樹にもとづく推定です。系統樹を使って、ウイルスの変化の速さ、共通祖先が存在した年代、祖先がいた可能性の高い場所を推定しました。

主な報告結果

系統樹の推定では、調べたウイルス系統の最も近い共通祖先は1992年（95%の信用区間で1991〜1993年）に存在したとされました。その場所はフランスのマレンヌ・オレロン湾である確率が0.924と推定されています。研究チームの推定では、そこから欧州と太平洋で別々の道筋をたどりました。太平洋では1995年ごろ（1993〜1998年）に別の系統が現れ、欧州では2004〜2008年の間に、現在主流となっている「µVar（マイクロバリアント）」系統へと変化したとされます。

ゲノムの構造の比較からは、6種類の「ゲノム構造型」が見つかりました。1993〜2008年のフランスの一部の試料は、基準となる参照ゲノムとほぼ同じ構造でした。一方、2008〜2022年の欧州の232ゲノムはµVar系統にあたります。これらは合計約1万塩基対の挿入と欠失をもち、8つの遺伝子領域を失って4つの挿入要素を得た、特徴的な構造でした。太平洋地域の系統には、ゲノムの一部区間が別の位置へ移る「転座」など、新たに確認された大規模な組み換わりがありました。

採取年を組み込んだ系統樹では、ウイルスは7つのまとまり（クラスター）に分かれました。主なものは、1993〜2008年のフランス、2023〜2025年の中国、ニュージーランドとオーストラリア、カリフォルニア、2012年の韓国と2020年の中国、そして2008〜2022年の欧州各地です。祖先集団の混ざり具合を調べた解析でも、こうした時代と地域に沿った集団の分かれ方が示されました。ゲノム間で遺伝情報を交換した跡（組換えの信号）も検出されています。

変化の速さは、平均で1年に1塩基あたり約4.7×10⁻⁵回の置換と推定されました。著者らによると、この値は従来の推定値の間に収まり、ほかのいくつかのヘルペスウイルスとも近い水準です。

この報告が示すこと

研究チームは、OsHV-1の多様化は、1文字単位の変化だけでなく、繰り返し起こる挿入と欠失、組換え、大規模なゲノムの組み換わりが重なって進んできたと結論づけています。また、東アジアには長く続いてきたウイルスの多様性があることも示唆されたとしています。µVar系統の出現については、点変異が少しずつ積み重なっただけではなく、ゲノム構造の大きな再編と結びついていた可能性を示しました。そのうえで、カキの大規模な移動、高密度での養殖、ふ化場で生産した稚貝の広がりが、この再編を後押しした可能性があると述べています。

一方で、著者らは限界も明記しています。まず、試料の地域に偏りがあります。とくにフランスの238ゲノムのうち113がマレンヌ・オレロン産で、この偏りが年代推定や祖先の場所の推定に影響しうるとしています。また、太平洋の系統が中間的な位置に来ることは、組換えの直接の証拠にはなりません。祖先の多様性が残っていることなど、ほかの過程でも同じ形になりうるためです。さらに、µVar系統がフランスで生まれたのか、養殖用のカキの移動を通じて他国から持ち込まれたのかは、今回のデータでは判断できないとしています。

原著論文の著者・所属：Camille Pelletier（Ifremer, Département Ressources Biologiques et Environnement , Nantes ,; Ifremer, RBE-ASIM, Unité Adaptations Santé des Invertébrés Marins, Avenue de Mus de Loup , 17390 La Tremblade ,）、Germain Chevignon（Ifremer, Département Ressources Biologiques et Environnement , Nantes ,; Ifremer, RBE-ASIM, Unité Adaptations Santé des Invertébrés Marins, Avenue de Mus de Loup , 17390 La Tremblade ,）、Maude Jacquot（Ifremer, Département Ressources Biologiques et Environnement , Nantes ,; Ifremer, RBE-ASIM, Unité Adaptations Santé des Invertébrés Marins, Avenue de Mus de Loup , 17390 La Tremblade ,）、Benjamin Morga（Ifremer, Département Ressources Biologiques et Environnement , Nantes ,; Ifremer, RBE-ASIM, Unité Adaptations Santé des Invertébrés Marins, Avenue de Mus de Loup , 17390 La Tremblade ,）

※本記事は原著論文をもとに、日本語で要約・説明を加えた研究紹介です。 出典（原著論文）：Camille Pelletier, Germain Chevignon, Maude Jacquot, et al. Genomic diversity and inferred dispersal routes of Ostreid herpesvirus type 1 infecting Magallana gigas across Europe and the Pacific region. Virus Evolution（出版社：University of Oxford） 2026-11-05. DOI: 10.1093/ve/veag070. 原著ライセンス：CC BY.